Em 1961, o Fluminense fez uma vitoriosa excursão pela Europa e pela Africa, pois em 10 jogos venceu 9 e perdeu apenas 1, para o Sporting, no primeiro jogo, por 2 a 0. As vitórias foram contra o Nacional, no Cairo (Flu 2 a 1), Tanta, na cidade egípcia do mesmo nome (Flu 3 a 0), na Bulgária contra as seleções A e B deste país (1 a 0 e 1 a 1), na França contra o Olympique de Nice (7 a 2), na Itália, em Milão, contra a Inter (1 a 1), encerrando a excursão na Espanha, contra o Deportivo Espanhol, em Barcelona (2 a 1), Deportivo Málaga, em Málaga (6 a 0) e por último contra o Valencia, em Valencia (3 a 2). Durante a excursão, Waldo Machado foi vendido para o Valencia. O maior artilheiro da história do Fluminense se transformou no segundo maior da história do Valencia e, após encerrar a carreira, radicou-se definitivamente na Espanha.
Em 1963, o Fla-Flu que decidiu o Campeonato Carioca por 0 a 0, sangrando o flamengo campeão, bateu o recorde mundial de público de partidas entre clubes: 194.603 espectadores (177.656 pagantes). Neste mesmo ano chegou em terceiro lugar no Torneio Rio-São Paulo.
Assim com acontecera em 1951, Fluminense e Bangu terminaram o Campeonato Carioca de 1964 empatados com o mesmo número de pontos, sendo necessária uma melhor de três pontos (a vitória então ainda valia 2 pontos) para definir quem seria o campeão. O Flu venceu a primeira partida por 1 a 0 perante 64.014 pagantes com gol de Amoroso e o segundo e decisivo jogo por 3 a 1 perante 75.106 pagantes com gols de Joaquinzinho, Jorginho e Gilson Nunes para o tricolor, descontando Bianchini para o Bangu, sagrando-se assim campeão carioca.
Em 1966, o Fluminense foi campeão invicto da Taça Guanabara ao bater o Flamengo na final por 3 a 1 perante 69.730 pagantes, com 2 gols de Mário e um de Amoroso para o Flu, descontando Silva para o rubro-negro .
Entre 1952 e 1968, o Fluminense realizou 128 jogos internacionais, vencendo 75, empatando 23 e perdendo 30, com 314 gols pró e 175 gols contra. Neste mesmo período, o tricolor disputou 321 jogos interestaduais, vencendo 181, empatando 57 e perdendo 84, com 743 gols pró e 409 contra.
O time montado pelo técnico Telê Santana em 1969 deu alegrias durante três anos aos tricolores, tendo conquistado, ainda em 1970, o Torneio Roberto Gomes Pedrosa, competição que seria o modelo do futuro Campeonato Brasileiro de Futebol, e sendo vice-campeão carioca no mesmo ano. No Torneio Roberto Gomes Pedrosa de 1970, o Fluminense obteve 10 vitórias, 5 empates e apenas 4 derrotas.
Na partida decisiva contra o Clube Atlético Mineiro, a torcida do Fluminense colocou uma faixa com os dizeres "Pra frente, Máquina", para homenagear este grande time tricolor, apelido que passaria a acompanhar os grandes times do Flu.
O Fluminense foi ainda campeão da Taça Guanabara em 1969, ao vencer o América por 1 a 0 perante 67.492 pagantes, e, em 1971, ao vencer o Flamengo por 3 a 1, com 3 gols de Mickey. Cabe lembrar que a Taça Guanabara até 1972 foi um torneio disputado à parte do Campeonato Carioca.
Nestes anos, o Flu obteve 34 vitórias, 15 empates e 7 derrotas (4 em 1970), fazendo 90 gols e sofrendo 39 nos campeonatos cariocas, sendo que sua única derrota em 1971 foi por 1 a 0 para o Botafogo em 18/04/1971, na polêmica fase final do campeonato, com um gol de pênalti denunciado pela imprensa como irregular e que deu a vantagem do empate para o alvi-negro no último jogo da fase final. Nesta partida, o tricolor derrotou o Botafogo por 1 a 0, com um gol igualmente reclamado pelos torcedores rivais como irregular.
Na Taça Libertadores da América de 1971, o Fluminense foi desclassificado ao perder no Maracanã para o Deportivo Itália da Venezuela por 1 a 0, time este que o Flu havia ganhado por 6 a 0 em seu país. Abatido com o resultado inesperado, que praticamente teria lhe dado a classificação para a próxima fase, o time perdeu também a última partida para o Palmeiras por 3 a 1 (em São Paulo, o Flu havia o derrotado por 2 a 0), perdendo com isto a classificação. Os outros dois jogos do Flu foram contra o Deportivo Galicia (Venezuela), a quem o Flu venceu por 3 a 1 fora e por 4 a 1 no Maracanã, terminando esta edição da Libertadores em sétimo lugar.
O Flu, vice-campeão carioca em 1972, voltaria a ser campeão no ano seguinte com um time com vários jovens recém saídos das categorias de base, como Carlos Alberto Pintinho, Kléber, Marquinho (que depois seria conhecido como Marco Aurélio) e Rubens Gálaxe, liderados pelo experiente armador Gérson, o Canhotinha de Ouro.
Em 1974, o time chegou invicto e com a vantagem do empate ao jogo decisivo da Taça Guanabara contra o América, tendo tido sua grande atuação neste ano na vitória contra o Vasco por 5 a 1 perante 72.368 pagantes, com três gols de Gil. Após a derrota por 1 a 0 que deu o título ao América perante 97.681 pagantes , o time caiu muito de produção e terminou o Campeonato Carioca em quinto lugar.
No Campeonato Carioca de 1975, o Fluminense classificou-se para as finais ao ganhar a Taça Guanabara contra o América com um gol de falta de Rivellino aos 13 minutos do 2º tempo da prorrogação, perante 96.035 pagantes.
Após a conquista da Taça Guanabara, para comemorar a contratação de Paulo César Lima que antes era o grande astro do Olimpique de Marselha, o Fluminense realizou um amistoso contra o forte time do Bayern Munchen, base da Seleção Alemã de Futebol campeã mundial de 1974, que contava em seu elenco com jogadores como Sepp Maier, Franz Beckenbauer, Gerd Müller, Georg Schwarzenbeck, Kapelmann e a estrela nascente Karl Heinz Rumenigge. O amistoso foi em 10/jun, à noite, com 60.137 tricolores pagando ingressos e a administração do estádio tendo que mandar abrir os portões com o jogo já começado, pois não esperava o fluxo de público que compareceu ao Maracanã, liberando a entrada para milhares de pessoas que não pagaram ingressos.
Na campanha do bicampeonato em 1976, o Fluminense disputou 32 jogos, vencendo 23, empatando 7 e perdendo apenas 2, com 74 gols pró e 26 contra. O artilheiro e o vice deste campeonato foram tricolores, Doval com 20 gols e Gil com 19. O Flu classificou-se para as finais ao vencer o terceiro turno perante o Botafogo por 5 a 1 debaixo de uma enorme tempestade.
O Flu chegaria em terceiro nos campeonatos cariocas de 1977 e de 1978, quarto em 1979 e seria vice-campeão do Campeonato Carioca Especial de 1979 , um Torneio Extra como existiram outros na história do Campeonato Carioca.
Em 1980, o Flu voltaria a ganhar o Campeonato Carioca com um time praticamente formado nas Laranjeiras, pois apenas dois jogadores (Gilberto, formado pelo Atlético Goianiense e Cláudio Adão, formado pelo Santos) não passaram pelas categorias de base do tricolor. O Fluminense venceu o Vasco na final por 1 a 0 gol de Edinho de falta (com 108.957 pagantes), mesmo adversário que o Flu já havia batido na decisão do primeiro turno na disputa por pênaltis, quando 101.199 torcedores pagaram ingressos. A campanha da garotada tricolor, em 24 jogos, teve 12 vitórias, 8 empates e 4 derrotas, com 43 gols pró e 25 contra. O tricolor Cláudio Adão foi o artilheiro do campeonato com 20 gols.
O Fluminense teve ainda na década de 1980 grandes momentos de sua história, quando levantou seu único título brasileiro com este nome em 1984 ao bater o Vasco da Gama nos jogos finais, no Clássico dos Gigantes mais importante realizado até hoje. A campanha tricolor teve 26 jogos, com 15 vitórias, 9 empates e apenas 2 derrotas, com 37 gols pró e apenas 13 contra. Nos dois jogos finais, o Fluminense venceu o Vasco no primeiro jogo por 1 a 0, com gol do paraguaio Romerito e empatou por 0 a 0 no segundo, perante 128.381 pagantes. A maior goleada tricolor foi nas quartas-de finais contra o Coritiba, no Maracanã, por 5 a 0, empolgando os 60.385 pagantes.
Em 1981 e 1982 o Flu não foi bem nos campeonatos cariocas, terminando-os em quinto lugar. No Campeonato Brasileiro de 1982 o time tricolor chegou em quinto lugar, perdendo a classificação para as semifinais com um gol incrível, de Tonho para o Grêmio em chute de longa distância perante 69.115 torcedores no Maracanã. No primeiro jogo empate por 1 a 1 no Estádio Olímpico e no segundo derrota do Flu por 2 a 1.
Após conquistar a Taça Guanabara de 1983 em um clássico contra o América em que venceu por 2 a 0 com dois gols de Assis, perante 79.275 pagantes, o Fluminense se classificou para as finais contra o Flamengo, campeão da Taça Rio e contra o Bangu, time que mais pontuou no campeonato. O Fluminense empatou com o Bangu por 1 a 1, venceu o rubro-negro por 1 a 0 com um gol de Assis aos 45 minutos do segundo tempo em jogo disputado debaixo de muita chuva, perante 83.713 pagantes. Como o Flamengo ganhou do Bangu por 2 a 0, sagrou-se campeão carioca. A campanha tricolor teve 24 jogos, com 13 vitórias, 6 empates e 5 derrotas, com 31 gols pró e 13 contra. O artilheiro tricolor foi Assis, com 11 gols e o segundo o centro-avante Washington, com 8, jogadores que formavam uma dupla pelo seu ótimo entendimento conhecida como o Casal 20, nome de famoso seriado de televisão desta época.
No Campeonato Carioca de 1984, o Fluminense chegou ao bicampeonato após 24 partidas, com 16 vitórias, 5 empates e 3 derrotas, 40 gols pró e 16 contra, com Romerito sendo o artilheiro tricolor com 11 gols. O time tricolor classificou-se para as finais por ter sido o clube que mais pontuou durante o campeonato, contra o Flamengo, campeão da Taça Guanabara e o Vasco, campeão da Taça Rio. Nas finais o Fluminense venceu o Vasco por 2 a 0 perante 94.123 pagantes e o Flamengo por 1 a 0, perante 153.520, de novo, com gol de Assis, desta vez aos 30' do 2º tempo.
O Fluminense chegou ao seu terceiro tricampeonato estadual em uma final contra o Bangu em 1985, em que ganhou de 2 a 1 perante 88.162 pagantes, com gol de Marinho para Bangu aos 4 minutos do 1º tempo e no segundo, com gols de Romerito aos 18 minutos e Paulinho de falta, aos 31, conquistou o título. A campanha tricolor neste ano teve 24 jogos, com 15 vitórias, 7 empates e apenas 2 derrotas, com 32 gols pró e 12 contra.
Na Taça Libertadores da América de 1985, o Flu não foi bem, terminado esta primeira fase em terceiro, quando classificavam-se dois para a fase seguinte. Neste ano o Fluminense, disputou em jogos de ida e volta pelo Grupo 1 contra o também carioca Vasco e contra os argentinos Ferro Carril Oeste e Argentino Juniores, que acabou campeão desta competição, enquanto o Ferrocarril foi o outro classificado deste grupo. O Flu, em campo, obteve 3 empates e 3 derrotas mas acabou ganhando os pontos do empate de 3 a 3 contra o Vasco, que escalou irregularmente o jogador Gersinho nesta partida, mesmo alertado antes do jogo para este risco.
A partir de 1985, tempos difíceis para o Fluminense seriam organizados fora de campo, pois ao assumir a presidência da Federação de Futebol do Estado do Rio de Janeiro, Eduardo Vianna garantiu que acabaria com "o reinado dos coloridos", pois, até então, era a dupla Fla-Flu que conquistava a maioria dos títulos cariocas. Já em 1986, foi denunciado um escândalo de manipulação de arbitragens, intitulado pela imprensa de "Escândalo das papeletas amarelas", que visava impedir o Fluminense de conquistar o tetracampeonato estadual, o que foi conseguido. Além disso, por conta de uma epidemia de dengue em seu elenco o time não pode comparecer a um jogo contra o Americano em Campos dos Goytacazes , perdendo os pontos e a possibilidade de se sagrar campeão, mesmo com as dificuldades extra-campo.
O Flu conquistou, em 1987, a Copa Kirim, no Japão, em sua mais importante excursão à Ásia, disputando a final contra o Torino da Itália cuja grande estrela era o brasileiro Júnior. Perante cerca de 40.000 torcedores no Estádio Olímpico de Tóquio, o Flu venceu por 2 a 0 com gols de Washington e Tato. Nos outros jogos disputados, o Flu empatou com a Seleção do Japão por 0 a 0, empatou com o mesmo Torino da final por 1 a 1 e venceu a Seleção do Senegal por 7 a 0.
Em 1988 e 1991, o time tricolor chegou, mesmo com times fracos tecnicamente, embora bem organizados, às semifinais do Campeonato Brasileiro. No campeonato de 1988 foi desclassificado Esporte Clube Bahia, após empatar por 0 a 0 no Maracanã e perder por 2 a 1 no Estádio da Fonte Nova, que neste dia recebeu o maior público de sua história (110.438 pagantes). Em 1991 o Flu foi desclassificado pelo Clube Atlético Bragantino, com uma derrota por 1 a 0 no Maracanã perante cerca de 70.000 tricolores e, já eliminado, um empate por 1x1 em Bragança Paulista. Curiosamente, o time do Bragantino era composto por muitos atletas formados no clube tricolor e que tinham participado da conquista da quinta Copa São Paulo de Juniores para o Fluminense em 1989. e o atacante Franklin, que marcou os gols do Bragantino nestes dois jogos.
Em 1992 o Flu chegou à final da Copa do Brasil contra o Inter, ganhando a primeira partida por 2 a 1 no Estádio de Laranjeiras, vindo a perder o segundo jogo por 1 a 0 no Estádio Beira-Rio com um pênalti no mínimo polêmico, marcado aos 42 minutos do segundo tempo.
Ainda se classificou por três anos para disputar a Copa Conmebol, um dos torneios que antecederam a atual Copa Sul-Americana. Em 1992, quando após ganhar do Atlético Mineiro por 2 a 1, perdeu a segunda por 5 a 1, em 1993, quando ganhou do mesmo adversário do ano anterior por 2 a 0 com o mando de campo e foi derrotado pelo mesmo resultado em Belo Horizonte, perdendo a vaga nos pênaltis, e, em 1996, quando perdeu para o Guarani do Paraguai por 3 a 1 em Assunção e empatou, no Rio de Janeiro, por 2 a 2.
O tricolor só voltou a ganhar um título relevante em 1995 na inesquecível decisão do Campeonato Estadual em um Fla-Flu emocionante com 120.418 espectadores (109.204 pagantes), em que Renato Gaúcho (o "Rei do Rio") fez o gol da vitória por 3 a 2, com a barriga, ano em que o Fluminense também chegou de novo às semifinais do Campeonato Brasileiro. Neste estadual de 1995, Fluminense disputou 27 jogos, com 17 vitórias, 7 empates, 3 derrotas, 48 gols pró e 18 contra. Aquele era o ano do centenário do Flamengo como clube, não como time de futebol, e o rubro-negro investira muito para conquistar este campeonato, mas nos 4 Fla-Flus disputados o Fluminense venceu 3 e empatou 1. No Campeonato Brasileiro de 1995 o Flu terminou em quarto, desclassificado nas semifinais pelo Santos Futebol Clube (4 a 1 e 2 a 5, cabendo lembrar que nesta época não havia o critério de desempate em que gols fora de casa valem o dobro).
Os anos seguintes foram muito difíceis para o Tricolor de Laranjeiras. Em 1996, após péssima campanha, o Fluminense seria rebaixado para a segunda divisão nacional, sendo salvo por uma manobra política da CBF que o manteve na elite, a fim de abafar um escândalo de arbitragens envolvendo outros clubes, conhecido como o Caso Ives Mendes, e que obrigaria a CBF a rebaixar os envolvidos, caso viessem a ter os seus pontos cassados, conforme a opinião pública previa.
O Flu porém não aprendeu a lição, e como não reforçou o seu time, acabou caindo em 1997 para o Campeonato Brasileiro Série B. Em 1998, o time foi novamente rebaixado, agora para o Campeonato Brasileir Série C. Após disputar este campeonato contra uma maioria de clubes pequenos e em campos algumas vezes mal conservados, o time tricolor conquistou este título, começando, a partir deste momento, a reestruturar-se para voltar a formar grandes craques e conquistar títulos de expressão. No final de 1998, o time deu sinal de que o clube estava retomando o seu rumo, ao conquistar a Copa Rio, competição estadual que neste ano contou pela última vez com a presença dos grandes clubes cariocas, ao bater o São Cristóvão por 4 a 0 no jogo final. Em 9 jogos disputados, o Fluminense venceu todos, com 24 gols pró e apenas 4 contra.
O Fluminense conquistou este campeonato em 1999 ao vencer o Clube Náutico Capibaribe no Estádio dos Aflitos por 2 a 1, com 2 gols de Roger para o Flu, descontando Rogério Capixaba para o alvi-rubro pernambucano. A campanha do Fluminense teve 22 jogos, com 14 vitórias, 3 empates e 5 derrotas, 37 gols a favor e 21 contra e o artilheiro tricolor nesta competição foi Roni, com 6 gols. Neste ano, o Flu havia contratado o técnico Carlos Alberto Parreira, e, com ele, além de ganhar o Campeonato Brasileiro Série C, criou o Vale das Laranjeiras, centro de formação de jogadores de futebol das em um espCategorias de Base no distrito de Xerém, em Duque de Caxias, aço de 130.000 metros quadrados.
Estádio Mário Filho, o Maracanã, onde o Fluminense tem o mando dos seus jogos. Em 2000, quando se preparava para a disputa da segunda divisão, um problema jurídico entre clubes da Série A impediu a realização do Campeonato Brasileiro, sendo criada a Copa João Havelange pelo Clube dos Treze. Na organização deste campeonato, optou-se pelo critério de convite aos clubes participantes, com o Tricolor de Laranjeiras, por conta de suas boas participações em campeonatos como a Copa do Brasil e o Campeonato Estadual do Rio de Janeiro, além dos grandes públicos que compareciam aos seus jogos no Campeonato Brasileiro Série C, foi convidado, e assim como o Bahia que não estava então na primeira divisão, incluído entre os participantes.
A equipe teve uma boa participação e, após ficar em terceiro na primeira fase, caiu nas oitavas-de-final da competição contra o São Caetano, perante 56.504 tricolores, terminado este campeonato em nono lugar. Assim como o São Caetano, que disputou o campeonato na divisão inferior e teve a possibilidade de chegar até à final da disputa entre os clubes principais, o Fluminense e o Bahia permaneceram na primeira divisão no ano seguinte, numa virada de mesa comum no Século XX e que beneficiaram outros clubes no decorrer de sua história. Na Copa do Brasil deste ano, o Fluminense terminou na quinta colocação.
No Torneio Rio-São Paulo de 2001 o Fluminense terminou em quarto lugar e no Campeonato Brasileiro deste ano em terceiro.
O Fluminense conquistou o Campeonato Carioca de 2002, apelidado de Caixão pela imprensa, que estava boicotando esse campeonato, ao vencer o Americano por 2 a 0 e por 3 a 1 nos jogos finais, o último assistido por cerca de 37.000 pessoas (26.663 pagantes), em campeonato altamente desmotivado, disputado sem a cobertura da imprensa, com a fase final sendo realizada durante a Copa do Mundo de 2002 e com os grandes clubes utilizando seus elencos reservas nas fases iniciais pois disputavam o Torneio Rio-São Paulo. Tendo sido campeão carioca no dia 27 de junho, três dias antes da Seleção Brasileira ganhar a Copa do Mundo deste ano, a torcida tricolor aproveitou para fazer a festa do título carioca no ano do centenário do Fluminense justamente neste dia e em muitos lugares do Grande Rio de Janeiro, haviam tantas camisas tricolores quanto brasileiras neste dia festivo. A campanha tricolor em 28 jogos teve 14 vitórias, 5 empates e 9 derrotas, com 45 gols a favor e 33 contra.
Neste ano de 2002, o Fluminense comemorou o seu centenário com grandes eventos praticamente o ano inteiro. O grande presente para a torcida foi a contratação do jogador Romário, que, logo em sua estréia, brilhou no Campeonato Brasileiro contra o Cruzeiro, quando o Flu venceu por 5 a 1 com cerca de 70.000 tricolores em festa. O Fluminense terminou este campeonato em quarto lugar. Neste ano, Romário jogou bem e fez muitos gols, embora tenha se indiposto com o outro goleador do time, Magno Alves, que depois acabou saindo do clube para brilhar na Coréia do Sul e no Japão. Com o passar dos anos, Romário foi caindo de produção e, em 2003, já não esteve bem no Campeonato Brasileiro.
No ano de 2003, o tricolor disputou a Copa Sul-Americana pela primeira vez, vencendo o Corinthians por 2 a 0, o Atlético Mineiro também por 2 a 0 e veio a cair na segunda fase ao perder para o São Paulo por 1 a 0 no Morumbi e empatar, no Rio de Janeiro, por 1 a 1. A melhor performance do Fluminense em 2004 foi no Campeonato Brasileiro, quando chegou em nono lugar.
O Fluminense teve grandes momentos durante o ano de 2005 e, após perder o primeiro jogo das finais para o Volta Redonda por 4 a 3, conquistou o Campeonato Carioca com 70.830 tricolores (63.762 pagantes) comparecendo ao segundo jogo final em que o Flu ganhou por 3 a 1. O Fluminense classificou-se para as finais contra o Volta Redonda, campeão da Taça Guanabara, ao vencer o Flamengo por 4 a 1 na decisão da Taça Rio perante 74.650 torcedores (65.672 pagantes) com uma grande atuação. Neste campeonato, em 15 jogos o Fluminense obteve 8 vitórias, 3 empates e 4 derrotas, com 40 gols pró e 22 contra.
Em 2005, o Fluminense também chegou à sua segunda final da Copa do Brasil, perdendo o título para o Paulista de Jundiaí ao empatar por 0 a 0, com o jogo sendo disputado no Estádio de São Januário perante 25.000 torcedores, já que o Maracanã estava em reformas, assim como já acontecera em 1992, quando o Fluminense não teve a oportunidade de usar o Maracanã na Copa do Brasil, estádio onde manda a maioria de seus jogos . Desfalcado, o Flu havia entrado com vários reservas no primeiro jogo desta final, perdendo para o Paulista em Jundiaí por 2 a 0. No Campeonato Brasileiro a equipe tricolor chegou em quinto lugar.
Na Copa Sul-Americana daquele ano, o Fluminense também fez boa campanha, só caindo nas quartas-de-finais para o Universidad Católica, a quem ganhou por 2 a 1 no Rio de Janeiro, perdendo por 2 a 1 em Santiago do Chile. Em 6 jogos nesta Copa Sul Americana, o Fluminense obteve 3 vitórias, 1 empate e 2 derrotas, 8 gols pró e 7 contra. No ano de 2006, apesar de ter um elencos forte tecnicamente, o Fluminense sofreu com graves erros de gestão, por conta de falta de um planejamento adequado, fazendo com que o clube trocasse seis vezes de técnico, o que levou o Fluminense a ter um rendimento insatisfatório no futebol profissional, muito parecido com o ano de 2003, quando, após as grandiosas comemorações de seu centenário no ano anterior, o Fluminense começou a sua preparação mais tarde do que os clubes que tiveram sucesso naquele ano e por isto mesmo teve inúmeros problemas de contusão em seu elenco profissional por preparação física inadequada e depois tentativas passionais em sua gestão visando tentar corrigir os erros anteriores.
Em 2006, na Copa Sul-Americana, disputou a primeira fase contra o Botafogo, vindo a se classificar nos pênaltis após dois empates por 1 a 1. Na fase seguinte o Fluminense acabou eliminado pelo Gimnasia y Esgrima de La Plata, da Argentina, ao empatar o primeiro jogo por 1 a 1 e perder o seguinte na casa do adversário por 2 a 0.
Nas 4 Copas Sul Americanas disputadas por clubes brasileiros entre 2003 e 2006, o Fluminense disputou 3, contabilizando 5 vitórias, 5 empates e 4 derrotas, 18 gols pró e 11 contra, sendo até então o quarto clube brasileiro que mais pontuou na história desta competição. A melhor campanha tricolor foi em 2005, quando caiu nas quartas-de-finais, terminando em quinto lugar. Até este último jogo da Copa Sul-Americana contra o Gimnasia, no período entre 1968 e 2006, o Fluminense disputou 149 partidas contra clubes ou Seleções estrangeiras (desconsiderando jogos contra clubes brasileiros no exterior ou em competições internacionais nestas estatísticas), com 76 vitórias, 37 empates, 34 derrotas, 291 gols a favor e 183 contra.
2007/2008: O Título da Copa do Brasil e a disputa da Copa Libertadores da América
O Fluminense refez o seu time em 2007 a após um péssimo Campeonato Carioca chegou à sua terceira final da Copa do Brasil, desta vez sendo campeão contra o Figueirense, ao vencer o segundo jogo da decisão por 1 a 0 em Florianópolis (com gol de Roger), após ter empatado o primeiro jogo decisivo por 1 a 1 no Rio de Janeiro, com todos os 64.669 ingressos colocados à venda no Maracanã tendo sido vendidos com antecedência de 48 horas, já que o grande estádio ainda está finalizando as obras para fazer parte do complexo esportivo dos Jogos Pan-americanos de 2007 e ainda não tinha condições para atender a sua capacidade máxima de cerca de 90.000 espectadores, como ocorreu após o fim das reformas. Para chegar ao título de campeão da Copa do Brasil, o Fluminense passou pela Adesg (2 a 1 e 6 a 0), América Futebol Clube (RN) (0 a 1 e 2 a 1), Bahia (1 a 1 e 2 a 2), Atlético Paranaense (1 a 1 e 1 a 0), Brasiliense (4 a 2 e 1 a 1) e Figueirense (1 a 1 e 1 a 0), com isto classificando-se para disputar a Taça Libertadores da América em 2008. Adriano Magrão e Alex Dias foram os artilheiros tricolores nesta competição, com 4 gols cada um.
Ao final da Copa do Brasil de 2007, o Fluminense totalizou 91 jogos na história desta competição, com 48 vitórias, 26 empates e 18 derrotas, 166 gols pró e 103 contra, tendo estado presente em 14 edições, sendo esta a sétima melhor performance entre os clubes que já disputaram o segundo torneio mais importante do Brasil até 2007. As maiores vitórias tricolores até então foram de 6 a 0 contra a Adesg na campanha de 2007 e de igual placar sobre o Maranhão Atlético Clube em 04 de Maio de 2000.
No dia 12 de Maio de 2007, a Câmara dos Vereadores do Rio de Janeiro aprovou lei que declara o dia 21 de julho como o Dia do Fluminense e dos Tricolores, não por acaso o dia da fundação do clube. No Campeonato Brasileiro de 2007 o Fluminense terminou em quarto lugar, sendo esta a nona vez que o Tricolor terminou entre os quatro primeiros colocados deste campeonato, a melhor performance de um clube do Estado do Rio de Janeiro neste quesito. Considerando-se o Torneio Roberto Gomes Pedrosa, precursor deste campeonato, esta seria a décima vez. Thiago Neves, o seu camisa 10, ganhou a Bola de Ouro da revista PLACAR, como o melhor jogador desta edição, em que Thiago Silva também foi eleito, neste caso como um dos zagueiros para a seleção do campeonato.
Tendo terminado o Campeonato Carioca de 2008 em terceiro lugar, o Fluminense foi o clube que mais somou pontos entre todos os participantes da Copa Libertadores da América 2008 na primeira fase desta competição, habilitando-se a disputar a segunda partida das demais fases eliminatórias, no Maracanã.
Na primeira fase o Fluminense superou a LDU (Equador, 0 a 0 e 1 a 0), o Arsenal de Sarandí (Argentina, 6 a 0 e 0 a 2) e o Libertad (Paraguai, 2 a 1 e 2 a 0). Na segunda fase eliminou o Atlético Nacional (Colômbia, 2 a 1 e 1 a 0) e na terceira o São Paulo (Brasil, 0 a 1 e 3 a 1, quando um público de 72.910 pessoas compareceu ao Maracanã, sendo 68.191 pagantes)para ver o uma das partidas mais marcantes do torneio em que o o Flu vencia por 2 a 1 placar que era favorável ao time paulista, Washington fez e cabeça aos 46 minutos do 2º tempo classificando assim o Flu. Na quarta fase, o Fluminense disputou as semifinais contra o Boca Juniors, da Argentina, obtendo empate por 2 a 2 na primeira partida em Buenos Aires, e vitória por 3 a 1 no jogo de volta no Maracanã, perante 84.632 torcedores (78.856 pagantes), classificando-se para a final contra a LDU, com quem já jogou na primeira fase desta competição, em um grupo que era chamado pela imprensa internacional de Grupo da Morte, pela competitividade dos clubes participantes.
Na primeira partida da fase decisiva, no Estádio Casablanca, em Quito, a LDU venceu o Fluminense por 4 a 2. Enquanto aguardava-se a partida de 02 de julho no Maracanã, os 78.918 ingressos colocados à venda foram esgotados em poucas horas de venda ainda no dia 23 de junho, batendo o recorde brasileiro de renda em partidas entre clubes, tendo sido arrecadados R$ 3.910.044,00 apenas com a venda de entradas. Após uma excelente partida, perante 86.027 torcedores presentes,o Fluminense derrotou o adversário por 3 a 1, com três gols de Thiago Neves, levando a decisão para os pênaltis, quando foi derrotado por 3 a 1.
Apesar da derrota na final, o apoio dos torcedores ao técnico Renato Portaluppi e ao time foi incondicional, vista a excelente campanha do time no campeonato mais importante para os clubes sul-americanos. Ressalta-se, portanto, que em 9 anos o Fluminense carioca passou da Série C para a final da Libertadores, resgatando o prestígio que o clube sempre teve, exceto na segunda metade da década de 1990, um período curto, mas difícil para os tricolores.
No Campeonato Brasileiro de 2008, tendo optado por disputar metade do campeonato com o time reserva para priorizar a disputa da Copa Libertadores da América, o time lutou contra o rebaixamento até a penúltima rodada, onde arrancou um empate com o São Paulo no Morumbi por 1 a 1, acabando com as possibilidades de rebaixamento.
Na última rodada, a torcida tricolor levou 51.172 torcedores presentes contra o Ipatinga (MG), com o empate por 1 a 1 o Fluminense terminou o campeonato na 14ª posição classificando-se para a Copa Sul-Americana de 2009, e o seu atacante Washington terminou como artilheiro desta edição do Campeonato Brasileiro, tendo marcado 21 gols.
O seu zagueiro Thiago Silva foi eleito o melhor zagueiro-central do Campeonato Brasileiro de 2008 e ainda ganhou o CRAQUE DA GALERA estabelecido pelo Globoesporte.com, como o melhor jogador deste campeonato, eleito por voto popular com 1.252.073 votos, cerca de 47% do total apurado.
Das categorias de base, o Fluminense, que tem conquistado vários títulos, tem tirado a base dos times profissionais que têm se destacado com a camisa tricolor neste início do Século XXI.
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